科研工作流

Obsidian 是研究人员和学者的理想知识管理工具，可以帮助你管理文献、记录实验、撰写论文和追踪研究进度。本文介绍一套完整的科研工作流。

核心理念

科研人员使用的特点

文献管理：大量论文需要阅读和引用
实验记录：需要详细记录实验过程
论文写作：需要组织和追踪写作进度
知识积累：长期研究需要知识库

文献管理系统

文献笔记模板

markdown

---
title: <% tp.system.prompt("论文标题") %>
authors: [<% tp.system.prompt("作者，逗号分隔") %>]
year: <% tp.system.prompt("年份") %>
journal: <% tp.system.prompt("期刊/会议") %>
doi: <% tp.system.prompt("DOI", "") %>
bibtex_key:
type: <% tp.system.suggester(["期刊论文", "会议论文", "预印本", "书籍", "学位论文"], ["journal", "conference", "preprint", "book", "thesis"]) %>
status: <% tp.system.suggester(["待读", "阅读中", "已读", "重要"], ["待读", "阅读中", "已读", "重要"]) %>
tags:
  - 文献笔记
---

# <% tp.file.title %>

## 基本信息

| 项目 | 内容 |
|------|------|
| 作者 | <% tp.frontmatter.authors.join(", ") %> |
| 年份 | <% tp.frontmatter.year %> |
| 来源 | <% tp.frontmatter.journal %> |
| DOI | [<% tp.frontmatter.doi %>](https://doi.org/<% tp.frontmatter.doi %>) |
| 状态 | <% tp.frontmatter.status %> |

## 摘要

<% tp.file.cursor() %>

## 研究问题

> 本文试图解决什么问题？

## 方法

### 数据

### 方法论

### 实验设计

## 主要发现

1.
2.
3.

## 核心贡献

### 理论贡献

-
-

### 实践贡献

-
-

## 局限性

1.
2.

## 我的评价

### 优点

-
-

### 不足

-
-

## 对我研究的启示

### 可借鉴的方法

-
-

## 引用笔记

> 重要引用的论文

- [[论文A]]
- [[论文B]]

## BibTeX

```bibtex
@article{key,
  author = {},
  title = {},
  journal = {},
  year = {},
  volume = {},
  pages = {}
}
```text

## PDF 附件

- [本地PDF](file:///path/to/paper.pdf)  <!-- 替换为实际 PDF 路径 -->
- [在线阅读](https://doi.org/10.xxxx)   <!-- 替换为实际 DOI 链接 -->

文献阅读流程

yaml

阅读流程:
  1. 快速浏览:
    - 标题、摘要、关键词
    - 图表和结论
    - 决定是否深入阅读

  2. 深度阅读:
    - 引言：研究背景和问题
    - 方法：实验设计和数据
    - 结果：主要发现
    - 讨论：意义和局限

  3. 笔记整理:
    - 记录核心观点
    - 标注可引用内容
    - 记录疑问和思考

文献综述模板

markdown

---
title: <% tp.system.prompt("综述主题") %> - 文献综述
created: <% tp.date.now("YYYY-MM-DD") %>
updated: <% tp.date.now("YYYY-MM-DD") %>
---

# <% tp.file.title %>

## 概述

### 研究背景

### 综述范围

- 时间范围：
- 检索关键词：
- 数据库：

## 文献统计

```dataview
TABLE
  year as "年份",
  status as "状态"
FROM "10-文献库/已读"
WHERE contains(tags, "<% tp.system.prompt('主题标签') %>")
SORT year DESC
```text

## 理论框架

### 概念界定

### 理论基础

## 研究现状

### 主题一

#### 主要观点

#### 代表文献

- [[文献1]]：核心观点
- [[文献2]]：核心观点

#### 研究空白

### 主题二

#### 主要观点

#### 代表文献

- [[文献3]]
- [[文献4]]

## 研究方法综述

### 定量研究

-

### 定性研究

-

## 研究趋势

```mermaid
timeline
    title 研究发展历程
    2018 : 早期研究
    2020 : 理论发展
    2022 : 实证研究
    2024 : 最新进展
```text

## 研究空白

| 领域 | 空白 | 可能的研究方向 |
|------|------|----------------|

## 参考文献

<% tp.file.cursor() %>

Zotero 集成工作流

配合 Zotero Integration 插件：

yaml

工作流程:
  1. 在 Zotero 中管理 PDF
  2. 使用插件导入文献信息
  3. 自动生成文献笔记
  4. 在笔记中标注和评论
  5. 导出引用到论文

实验记录系统

实验记录模板

markdown

---
title: 实验 - <% tp.system.prompt("实验名称") %>
date: <% tp.date.now("YYYY-MM-DD") %>
project: [[<% tp.system.prompt("所属项目") %>]]
status: <% tp.system.suggester(["计划中", "进行中", "已完成", "失败"], ["计划中", "进行中", "已完成", "失败"]) %>
tags:
  - 实验记录
---

# <% tp.file.title %>

## 实验目的

<% tp.system.prompt("实验目的") %>

## 实验假设

> 本实验验证的假设

## 实验设计

### 变量

| 变量类型 | 变量名 | 说明 |
|----------|--------|------|
| 自变量 | | |
| 因变量 | | |
| 控制变量 | | |

### 样本

- 样本来源：
- 样本量：
- 筛选标准：

### 材料

-
-

### 设备

| 设备 | 型号 | 用途 |
|------|------|------|

## 实验步骤

1.
2.
3.

## 数据记录

<% tp.file.cursor() %>

## 结果分析

### 描述统计

### 推断统计

### 可视化

## 结论

### 主要发现

1.
2.

### 假设验证

- [ ] 假设1：
- [ ] 假设2：

## 问题与改进

### 遇到的问题

-
-

### 改进措施

-
-

## 后续计划

- [ ]

## 相关实验

- [[]]

实验数据管理

markdown

## 数据管理规范

### 命名规范

```text
项目代号_实验编号_日期_版本号
例：PRJ01_EXP001_20240115_v1
```text

### 数据存储

```text
实验数据/
├── raw/           # 原始数据
├── processed/     # 处理后数据
├── analysis/      # 分析结果
└── backup/        # 备份
```text

### 数据文档

每个数据集配有说明文件：

```yaml
数据名称:
数据描述:
创建日期:
变量说明:
  - 变量1: 说明
  - 变量2: 说明
数据来源:
处理步骤:
```text

实验进度追踪

markdown

# 实验进度追踪

## 进行中的实验

```dataview
TABLE
  date as "日期",
  status as "状态",
  project as "项目"
FROM "30-实验记录"
WHERE status = "进行中"
SORT date DESC
```text

## 本月实验

```dataview
TABLE
  status as "状态",
  date as "日期"
FROM "30-实验记录"
WHERE date >= date(<% tp.date.now("YYYY-MM-01") %>)
SORT date DESC
```text

论文写作工作流

论文项目管理

markdown

---
title: <% tp.system.prompt("论文标题") %>
type: <% tp.system.suggester(["期刊论文", "会议论文", "学位论文", "研究报告"], ["journal", "conference", "thesis", "report"]) %>
status: <% tp.system.suggester(["构思中", "写作中", "修改中", "投稿中", "审稿中", "已接收", "已发表"], ["构思中", "写作中", "修改中", "投稿中", "审稿中", "已接收", "已发表"]) %>
target: <% tp.system.prompt("目标期刊/会议") %>
deadline: <% tp.system.prompt("截止日期", "YYYY-MM-DD") %>
created: <% tp.date.now("YYYY-MM-DD") %>
---

# <% tp.file.title %>

## 论文信息

| 项目 | 内容 |
|------|------|
| 类型 | <% tp.frontmatter.type %> |
| 状态 | <% tp.frontmatter.status %> |
| 目标 | <% tp.frontmatter.target %> |
| 截止 | <% tp.frontmatter.deadline %> |

## 研究问题

> 本研究试图解决什么问题？

## 核心贡献

1.
2.
3.

## 写作进度

- [ ] 确定研究问题
- [ ] 完成文献综述
- [ ] 设计研究方法
- [ ] 收集数据
- [ ] 分析数据
- [ ] 撰写初稿
- [ ] 修改完善
- [ ] 内部评审
- [ ] 提交投稿
- [ ] 修改回复
- [ ] 最终接收

## 章节大纲

### 摘要

- 字数限制：
- 关键词：

### 引言

#### 研究背景

-
-

#### 研究问题

-

#### 研究意义

-
-

### 文献综述

```dataview
LIST
FROM "10-文献库"
WHERE contains(related, [[<% tp.file.title %>]])
```text

### 方法

- 研究设计：
- 数据来源：
- 分析方法：

### 结果

- 主要发现：
- 表格和图：

### 讨论

- 理论贡献：
- 实践意义：
- 研究局限：

### 结论

- 核心结论：
- 未来方向：

## 相关实验

```dataview
LIST
FROM "30-实验记录"
WHERE contains(project, [[<% tp.file.title %>]])
```text

## 相关文件

- 数据文件：[[数据链接]]
- 分析代码：
- 投稿材料：

## 时间线

| 日期 | 事件 | 备注 |
|------|------|------|
| <% tp.date.now("YYYY-MM-DD") %> | 开始项目 | |

论文投稿追踪

markdown

---
title: 投稿追踪 - <% tp.system.prompt("论文名称") %>
paper: [[<% tp.system.prompt("论文链接") %>]]
---

# <% tp.file.title %>

## 投稿信息

| 项目 | 信息 |
|------|------|
| 期刊/会议 | |
| 投稿日期 | |
| 稿件编号 | |
| 状态 | |

## 审稿状态

| 日期 | 状态 | 说明 |
|------|------|------|
| | 提交 | |
| | 送审 | |
| | 返回意见 | |

## 审稿意见

### 审稿人1

#### 主要意见

1.
2.

#### 修改计划

| 意见 | 回复 | 修改位置 |
|------|------|----------|

### 审稿人2

#### 主要意见

1.
2.

## 修改记录

| 版本 | 日期 | 主要修改 |
|------|------|----------|
| v1 | | 初稿 |
| v2 | | 根据意见修改 |

## 相关材料

- 投稿信：
- 作者声明：
- 补充材料：

学术协作

会议笔记模板

markdown

---
title: <% tp.system.prompt("会议名称") %> - 会议笔记
date: <% tp.date.now("YYYY-MM-DD") %>
location: <% tp.system.prompt("地点", "线上") %>
type: <% tp.system.suggester(["学术会议", "研讨会", "组会", "答辩"], ["学术会议", "研讨会", "组会", "答辩"]) %>
tags:
  - 会议笔记
---

# <% tp.file.title %>

## 会议信息

| 项目 | 内容 |
|------|------|
| 名称 | <% tp.file.title %> |
| 日期 | <% tp.date.now("YYYY-MM-DD") %> |
| 地点 | <% tp.system.prompt("地点", "线上") %> |
| 类型 | <% tp.system.suggester(["学术会议", "研讨会", "组会", "答辩"], ["学术会议", "研讨会", "组会", "答辩"]) %> |

## 会议日程

| 时间 | 内容 | 演讲者 |
|------|------|--------|

## 笔记记录

<% tp.file.cursor() %>

## 有趣的观点

1.
2.
3.

## 可以联系的人

| 姓名 | 机构 | 研究方向 | 联系方式 |
|------|------|----------|----------|

## 后续行动

- [ ] 联系某人
- [ ] 阅读某论文
- [ ] 查找某资料

## 相关论文

- [[]]

合作项目管理

markdown

---
title: <% tp.system.prompt("合作项目名称") %>
type: 合作研究
status: <% tp.system.suggester(["讨论中", "进行中", "撰写中", "已完成"], ["讨论中", "进行中", "撰写中", "已完成"]) %>
collaborators: [<% tp.system.prompt("合作者，逗号分隔") %>]
created: <% tp.date.now("YYYY-MM-DD") %>
---

# <% tp.file.title %>

## 项目概述

### 研究问题

### 预期产出

## 合作方

| 姓名 | 机构 | 角色 |
|------|------|------|
| | | 负责人 |
| | | 合作者 |

## 任务分工

| 任务 | 负责人 | 截止日期 | 状态 |
|------|--------|----------|------|
| | | | [ ] |

## 沟通记录

### <% tp.date.now("YYYY-MM-DD") %>

**议题**：

**决议**：

**行动项**：

## 文件共享

- 数据：
- 文稿：
- 其他：

## 时间线

| 日期 | 事件 |
|------|------|
| | 项目启动 |

科研日常

科研日记模板

markdown

---
title: <% tp.date.now("YYYY-MM-DD") %> 科研日记
tags:
  - 科研日记
---

# <% tp.date.now("YYYY年MM月DD日 dddd") %>

## 今日计划

- [ ] 阅读文献：
- [ ] 实验工作：
- [ ] 写作任务：
- [ ] 其他：

## 工作记录

### 文献阅读

| 论文 | 进度 | 笔记 |
|------|------|------|

### 实验工作

-
-

### 写作进展

-
-

## 思考与想法

<% tp.file.cursor() %>

## 遇到的问题

| 问题 | 可能的解决方向 |
|------|----------------|

## 明日计划

-

周报模板

markdown

---
title: 第<% tp.date.now("WW") %>周 周报
tags:
  - 科研周报
---

# <% tp.file.title %>

## 本周工作

### 研究进展

| 项目 | 进展 | 下步计划 |
|------|------|----------|

### 文献阅读

```dataview
TABLE
  authors as "作者",
  year as "年份"
FROM "10-文献库"
WHERE file.ctime >= date(<% tp.date.now("YYYY-MM-DD", -7) %>)
SORT file.ctime DESC
```text

### 实验记录

```dataview
LIST
FROM "30-实验记录"
WHERE date >= date(<% tp.date.now("YYYY-MM-DD", -7) %>)
SORT date DESC
```text

## 本周产出

- 论文字数：
- 完成实验：
- 阅读文献：

## 问题与困难

1.
2.

## 下周计划

| 任务 | 优先级 |
|------|--------|
| | 高 |
| | 中 |

## 总结反思

<% tp.file.cursor() %>

插件	用途
Zotero Integration	文献导入
Citations	引用管理
Reference Map	文献关系图
BibTeX Manager	BibTeX 管理

插件	用途
Templater	模板自动化
Dataview	数据查询
Longform	长文写作
Word Count	字数统计

插件	用途
Periodic Notes	周期性笔记
Tracker	数据追踪
Charts	图表绘制
Excalidraw	手绘图表

插件	用途
Obsidian Git	版本控制
File Diff	文件对比
Sharing	分享笔记

数据分析集成

R 集成

markdown

## 使用 R 分析数据

### 运行 R 脚本

```r
# 在笔记中嵌入 R 代码块
library(tidyverse)

data <- read_csv("data.csv")

summary_stats <- data %>%
  group_by(condition) %>%
  summarise(
    mean = mean(score),
    sd = sd(score),
    n = n()
  )
```text

### 导入 R 输出

将分析结果保存为 Markdown 表格，在笔记中引用。

Python 集成

markdown

## 使用 Python 分析数据

### 运行 Python 脚本

```python
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt

df = pd.read_csv("data.csv")

# 基本统计
print(df.describe())

# 可视化
df['variable'].hist()
plt.savefig('output/fig1.png')
```text

### 在笔记中引用

```markdown
![分析结果图](output/fig1.png)
```text

科研工作流

核心理念

科研人员使用的特点

推荐组织方式

文献管理系统

文献笔记模板

文献阅读流程

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Zotero 集成工作流

实验记录系统

实验记录模板

实验数据管理

实验进度追踪

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论文项目管理

论文投稿追踪

学术协作

会议笔记模板

合作项目管理

科研日常

科研日记模板

周报模板

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文献管理

写作辅助

实验记录

协作

数据分析集成

R 集成

Python 集成

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合作项目管理 ​

科研日常 ​

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协作 ​

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